样品预处理的主要目的主要包括以下三点：1.将目标化合物溶解在适当的液体中；2.通过预处理使目标化合物呈按照设计机理被固相萃取柱保留的游离状态；3.调节液体样品的pH、离子强度和黏度。
在建立固相萃取的过程中，样品基质的性质与目标化合物同样重要，样品基质的性质（ pH、极性或非极性特征、离子强度等）往往会影响萃取机理的选择，影响目标化合物在SPE小柱的保留。
水样中含有许多天然有机物（NOM），NOM包括颗粒、凝胶物及溶解物，一些目标化合物会吸附在NOM上，异丙醇的加入既可以降低NOM对目标化合物的吸附，又对固相萃取装置起到一个平衡作用。
蜂蜜是一种黏度较大的液体，一般需要进行稀释，否则无法通过固相萃取柱。
奶类样品一般可用缓冲溶液或水稀释。奶类样品除了含有90%左右的水外，还含有大约1%～4%的蛋白质、3% ～7%的脂肪、4% ～7%的乳糖及0.2% ～0.8%的矿物质。
食用油通常都是非极性的液体，黏度较大，需要非极性的有机溶剂进行稀释。
红酒中含有上千种化合物。其中水（85% ～ 90%）、乙醇（7% ～ 10%）、丙三醇（3% ～ 10%）、苹果酸（1% ～ 10%）、乳酸（1% ～ 5%）、琥珀酸（0.5% ～ 1.5%）、降解糖（0.5% ～ 5%）、钾（0.7% ～ 2%）、酚类及含氮化合物（2% ～ 4%）、维生素、色素、酶等。酒类样品由于含有一定量的乙醇，在进行固相萃取前应用水或缓冲溶液对样品进行稀释。稀释后的样品中乙醇的含量应该在1% ～5%左右。
尿液中95%左右是水，5%左右是溶于水的化合物，主要包括尿素、尿酸、肌氨酸酐、氯化钠以及其他100多种低含量化合物。这些低含量化合物包括有机物 ，例如，碳水化合物、酶、脂肪酸、***、色素以及糖基化蛋白质等；还有无机物，例如，钾、钙、镁、氨、硫酸根、磷酸根等。尿液中含有大量的盐，一般都需要用至少等体积的水或缓冲溶液进行稀释。对于离子交换固相萃取，这一点尤为重要。
对于血液样品，都应该考虑目标化合物是呈游离状态还是与样品中的蛋白质结合在一起。由于目标化合物处在与蛋白质结合的状态下是无法按照设计的固相萃取机理与填料功能团发生作用的，所以在进行固相萃取前必须破坏血红细胞，将目标化合物释放出来。必须注意，如果在对血样进行预处理的过程中进行过滤或离心，要确保目标化合物已经被释放出来，呈游离状态。乙腈被认为是破坏蛋白质键合*有效的有机溶剂。
由于脂肪能够溶于非极性的有机溶剂，所以可以用正己烷、二氯甲烷等将其溶解。用非极性有机溶剂进行萃取后，可以用正相萃取柱对萃取液进行净化。
果仁类食品主要有豆类、花生等。这类食品通常是加入溶剂后粉碎匀浆。由于这类样品中含有一定量的蛋白质，必要时需做除蛋白质处理。
水果中一般含水量在70 %～90%之间。此外还含有蔗糖、、果糖、多糖、苹果酸、柠檬酸、酒石酸、纤维素、单宁、维生素、胡萝卜素、芳香族化合物、钙、铁、和磷等。蔬菜中的水分含量在65% ～96%左右，另外还含有维生素、纤维素、叶绿素、类胡萝卜素和花青素、镁、钙、铁、磷等。水果、蔬菜样品主要采取溶剂萃取。一般用极性有机溶剂萃取。无机盐的加入有助于目标化合物的析出，这样既可以防止乳化，又可以加快有机溶剂与水分层，这就是盐析效应。
含硫蔬菜包括韭菜、葱、大蒜、蒜苔、洋葱等。 这类蔬菜中含有许多有机硫化物，这些有机硫化物遇空气会氧化，对有机磷及有机氯农药的测定会产生严重干扰。可采用微波灭活的方法较为有效地解决此干扰问题。
常见的相关植物样品有茶叶等。在对茶叶中的有机农药残留进行检测时，可在经研磨的茶叶中加入水和盐，然后用有机溶剂萃取。YY中的含氮化合物、多酚及有机农药残留都是要检测的目标，在检测之前必须进行萃取及净化。对ZCY的萃取可以采用溶液萃取、索氏萃取、超临界萃取、超声波萃取等。
对于生物组织样品，固相萃取往往不是一个萃取手段，而是一个净化手段。
动物组织预处理：根据目标化合物的性质及其在动物体内的作用及代谢过程，可采用不同的预处理方法，例如，酶解法、蛋白质沉淀法、有机溶剂萃取法、超声波萃取法、加速溶剂萃取法等。
土壤是一种含有固体、液体和气体的复合物。与固态生物组织相类似，对于土壤和沉积物的固相萃取也要求将目标化合物从这些基质中释放出来。索氏萃取、加速溶剂萃取、微波辅助萃取、超临界萃取、超声波萃取用萃取缓冲液匀浆等都是常用的土壤、沉积物萃取的方法
